Nel 1697, su iniziativa del dottor Baldassarre Manzi prese corpo l'idea di istituire una Confraternita laicale intitolata al SS. Crocifisso, con statuto ed organizzazione proprie. La compagnia nacque allo scopo di "zelare il culto e propagare la devozione del SS. Crocifisso".

Gli statuti sono approvati nel 1705 a livello diocesano. In seguito Papa Clemente XI (1700-1721) concesse alla Compagnia una lunga serie di indulgenze che furono rinnovate anche nei secoli successivi. Nel 1828 papa Leone XII, con bolla del 28 novembre dello stesso anno, elevava la Compagnia ad Arciconfraternita.

L'Arciconfraternita del SS. Crocifisso ha avuto un ruolo chiave per la conservazione del santuario soprattutto durante le soppressioni degli ordini religiosi (in epoca napoleonica e al tempo dell'unità d'Italia), negli anni in cui i frati furono costretti ad abbandonare convento e chiesa.

Nella storia una delle più rilevanti attività della Compagnia è stata quella delle grandi processioni con la sacra immagine del crocifisso di Longiano organizzate al Santuario della Madonna di Loreto nelle Marche (1781), a Cesena (1826), a Rimini (1850) e di nuovo a Cesena nel 1950.

 

L'Arciconfraternita è attiva ancora oggi ed è composta di molti membri, i quali in diversi modi si prodigano per l'organizzazione delle solennità del Santuario e collaborano strettamente con i frati.

 

I confratelli hanno un ruolo particolarmente attivo nell'animazione e nell'organizzazione (compresa la raccolta dei fondi necessari) delle due grandi festività del santuario: il 6 maggio, anniversario del prodigio della vitella, e il 26 luglio, solennità liturgica del SS. Crocifisso per ricordarne la traslazione sopra l'abside.